Religionspädagogik setzt sich mit allen Fragen von Erziehung, Bildung und Sozialisation auseinander, die mit Religion zu tun haben. Sie fragt danach, wie man im Bildungsbereich mit religiösen Fragen in einer theologisch, religionswissenschaftlich, psychologisch und methodisch-didaktisch zeitgemässen Weise umgehen und dabei dem gesellschaftlichen, rechtlichen und kulturellen Kontext, in dem wir leben, gerecht werden kann.
Religionspädagogik nimmt dabei den Standpunkt der eigenen (im Fall des RPZ-Basel: christlichen, d.h. evangelisch-reformierten oder römisch-katholischen) Glaubensgemeinschaft ein. Sie tut dies aber in einer Haltung wechselseitiger Toleranz gegenüber anderen religiösen- und nichtreligiösen Standpunkten.
Am RPZ-Basel ist daher die Überzeugung leitend, dass christlicher Glaube heute im Horizont einer pluralistischen Gesellschaft gelebt wird und zum Gespräch mit anderen Glaubensweisen, Vorstellungen und Haltungen bereit sein muss. Das RPZ-Basel sieht sich dem friedlichen und toleranten Miteinander in unserer Gesellschaft verpflichtet und fördert dies in seinen Aktivitäten. Die hier arbeitenden Personen sind davon überzeugt, dass dazu Religion aber nicht tabusiert oder als reine Privatsache behandelt werden darf, sondern dass dazu im Bildungsbereich eine professionelle und ausgewogene Beschäftigung mit Religion und konkreten Vorstellungen und Überzeugungen stattfinden muss.