In vielen Schulen ist die Integration des Religionsunterrichts in den Schulalltag ein Thema. Häufig geht es um die Entwicklung der Schüler*innenzahlen, die Platzierung des Religionsunterrichts im Stundenplan oder die Raumsituation im Schulgebäude. In der Regel geht dies mit der Frage einher, ob und in welcher Form der Religionsunterricht an der Schule noch zeitgemäss ist und welche Optionen zu einer konzeptionellen Neuausrichtung bestehen.
In Rektorat und Fachstellen stehen den Schulleitungen und kantonalen Behörden kirchliche Ansprechpersonen für den Religionsunterricht zur Verfügung. Sie begleiten und koordinieren die Aktivitäten ihrer Kirchen im betreffenden Kanton und haben daher einen umfassenden Überblick über laufende Prozesse, vermitteln bewährte Lösungen und stellen hilfeiche Vernetzungen her.
In Basel-Stadt haben Schulen, Behörden und Behörden das Rektorat als Gegenüber, um organisatorische und konzeptionelle Fragen zu behandeln.
Im Kanton Baselland ist zunächst einmal die jeweilige evangelisch-reformierte und eine römisch-katholische Gemeinde für den Religionsunterricht vor Ort verantwortlich. Entsprechend sind sie der primäre Ansprechpartner für Schulen, Behörden und Institutionen. Die beiden Fachstellen wirken unterstützend im Hintergrund, können aber jederzeit beigezogen werden - insbesondere, wenn organisatorische oder konzeptionelle Veränderungen vorgenommen werden sollen. Aufgrund der komplexen Strukturen und Entscheidungswege sind dies besondere Herausforderung. Es wurden gute Erfahrungen damit gemacht, die evangelisch-reformierte und die römisch-katholische Fachstellen gemeinsan und frühzeitig in derartige Prozesse einzubeziehen.